Program rehabilitasi ekosistem laut telah dilakukan bersama-sama mitra Dinas Kelautan dan Perikanan Provinsi Jawa Tengah pada tahun 2017-2019 dan Universitas Diponegoro pada tahun 2019-2020 dengan menginstalasi 265 modul rumah ikan (artificial fish apartment/AFA) di 4 lokasi, dan menginstalasi 4-unit terumbu karang buatan (artificial patch reef / APR) di dua lokasi di wilayah laut sekitar.
Pada tahun 2022 melalui pendanaan Matching Fund Kedaireka dari DIKTI-Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan, BPI-UNDIP-DKP Provinsi Jawa Tengah bermitra untuk menambah 4-unit APR (420 modul) dan 4-unit AFA (120 modul) dengan menggunakan substrat beton berbahan Fly Ash-Bottom Ash (FABA) dari PLTU Batang, di wilayah laut sekitar PLTU Batang.